在《秘密入侵第二集》中，地球迎来了前所未有的危机，一群外星人蜥蜴族凭借高度发达的科技隐秘入侵并伪装成人类，妄图逐步接管人类社会的关键领域。女主角艾莉是一位隐居的前情报官员，她在好友的神秘失踪后被迫回归，追查过程中意外发现了这些外星人的存在。与此同时，蜥蜴族内部却也发生了分裂，他们中一部分希望与人类共存，而另一部分则坚决主张彻底统治。为了抵抗即将到来的大规模冲击，艾莉联手意外发现秘密的记者杰克，一同努力揭露真相，争取盟友，并策划反击。随着对手越来越狡猾，艾莉和杰克必须面对更深的阴谋以及难以辨识的敌友关系，他们不仅要保护自己的亲人，还要在危机中寻找希望与和平共处的可能。