在遥远的未来，世界被分为三个平行空间：人界、灵界和妖界。每个界面都有自己的规则与秩序，但随着科技的迅猛发展，界限开始变得模糊不清。17岁的少年尾崎隼人意外卷入了一场界域裂缝事件，成为了连接三界的钥匙。他受命于神秘组织“幽游白书”，任务是修复界域平衡，防止大灾难的降临。在穿梭三个世界的过程中，隼人结识了不同领域的奇异生物和拥有特异能力的伙伴。他们共同对抗潜伏在黑暗中的邪恶力量，同时揭示了关于灵魂、记忆和真实身份的神秘真相。面对无尽的挑战，隼人逐渐明白成长的意义，也知晓爱与牺牲的真谛。然而真正的威胁却来自内心的黑暗，只有承认并接受过去，他才能引导三界走向和平新生。